Известно, что лишь в конце XIX века, с началом нефтяного бума, Баку вышел за пределы крепостных стен. После сноса в 1883 году внешней крепостной стены, участок, где ныне расположено здание, долго оставался незастроенным. На какой-то период его облюбовали торговцы.
1 декабря 1905 года городская Дума, приняв во внимание обращение председателя мусульманского благотворительного общества Гаджи Зейналабдин Тагиева, выделила этот участок под здание благотворительного общества.
Но история возведения здания внезапно обрела трагическую окраску. Крупнейший представитель дореволюционной азербайджанской буржуазии, нефтяной магнат Ага Муса Нагиев трагически потерял сына. Тот заболел туберкулезом во время учебы во Франции, спасти 27-летнего Ага-Исмаила не удалось.
Тогда нефтепромышленник и меценат Гаджи Зейналабдин Тагиев на одном из благотворительных вечеров предложил Мусе Нагиеву увековечить имя сына, построив и назвав здание в его честь «Исмаиллия». Муса согласился. Все присутствующие, зная скупой характер Мусы Нагиева, сразу начали поздравлять его, чтобы он не передумал. И не зря, так как наутро Муса стал жаловаться Тагиеву, что у него нет столько денег на постройку здания. На что Тагиев обещал помочь ему. Он даже дал объявление в газете «Каспий», в котором обязался достроить здание «Исмаиллия», если у Мусы Нагиева не хватит денег в банке. Говорят, что проектировщики специально занизили смету здания, чтобы Нагиев не изменил своего решения.
В 1907 году гражданский инженер Иосиф Плошко приступил к работе над проектом, который стал первой работой талантливого польского зодчего в Баку. На его создание зодчего вдохновил палаццо Ка Доро (Золотой дворец) в стиле изящной венецианской готики, который был построен в далёком 1430 году в Венеции. Схожесть деталей легко заметить, сравнив фасады обоих зданий.
В 1908 году прошла торжественная закладка фундамента. На этой церемонии присутствовал почти весь город. Сюда пришли именитые люди Баку, нефтепромышленники, представители городской управы, градоначальник, губернатор, интеллигенция. В фундамент сооружения была заложена стальная шкатулка, в которую положили золотой брусок с выгравированной датой начала строительства.
Здание строилось целых 5 лет. Уже после окончания первого этажа деньги закончились и работы приостановились. Управляющему делами Мусы Нагиева стоило немалых трудов уговорить хозяина выделить дополнительные деньги и закончить стройку. Говорят, Нагиев подписал бумаги на выделение денег с закрытыми глазами, чтобы не видеть указанной суммы.
Наконец, в начале 1913 года строительство здания благотворительного общества «Исмаиллия» завершилось. Сооружение было богато орнаментировано, его венчали две башенки. Чтобы подчеркнуть благотворительный характер здания, верхний фриз был украшен афоризмами из Корана, выполненными золотыми буквами красивым арабским почерком: «Человек возвышается трудом, и только трудом он может достичь цели», «Труд сотворил человека», «Человек должен стремиться к знаниям от рождения до смерти», «Мусульмане, ваш век умирает с вами. Готовьте своих потомков для будущего», «Стремись к знаниям, как бы ни был долог этот путь».
Муса Нагиев являлся приверженцем одного из течений в исламе — бахаизма. Поэтому на фасаде здания, на самом верху, был установлен большой гранитный бюст Шейха Бахауллы. Под ним в одной из ниш располагался мраморный памятник Мусы Ага Исмаила. Как писал позднее Мамед Эмин Расулзаде в издаваемом в Турции журнале «Азербайджан Джумхуриети»: «Возможно, по великолепию это было лучшим зданием во всем исламском мире, построенным с такими (благотворительными) целями». В залах благотворительного общества, ставшего центром культурно-просветительских и благотворительных мероприятий, стали устраиваться приемы, вечера в пользу неимущих, собрания мусульманского общества «Нешр-Маариф».
В годы первой мировой войны и вплоть до февральской революции 1917 года в здании благотворительного общества располагался лазарет для раненных русских офицеров.
Во время мартовских событий 1918 года «Исмаиллия» подверглась массированной атаке и обстрелу. Армянские формирования разграбили и подожгли здание. Здание серьёзно пострадало как от пуль и снарядов, так и от пожара. Обрушившаяся в результате огня крыша полностью разрушила входные лестницы, повредила мраморные полы. Фактически, от здания остались одни стены…
После установления советской власти было принято решение разрушить остатки здания. Но бурное недовольство местного населения вынудили власти отказаться от этих планов и приступить к реставрации. Здание было восстановлено в 1922-1923 годах под руководством архитектора Александра Дубова. К сожалению, во время реставрации восточные орнаменты и надписи из Корана на фасаде и по бокам здания были удалены – вместо них появились золотые пятиконечные звезды. Соответственно исчезли бюст Шейха Бахауллы и памятник Ага Исмаилу.
Восстановленное здание было отдано под Дом тюркской культуры, и в 1926 году здесь прошел первый тюркский конгресс. Кстати, из этого здания начинало вещание первое в городе радио.
В разные годы в здании размещались различные организации и учреждения: «Общество обследования и изучения Азербайджана», «Археологическая комиссия», «Общество тюркской культуры» и другие. Здесь же долгое время располагался Рукописный фонд, который в 1960 году переехал в нынешнее здание центральной библиотеки им. М.Ф. Ахундова.
В послевоенные годы здание «Исмаиллия» было передано Академии Наук, и в настоящее время в здесь располагается Президиум Национальной академии наук Азербайджана.
